19400001 Vorlesung

WiSe 15/16: Algorithmen und Datenstrukturen

Tim Conrad

Hinweise für Studierende

Weitere Hinweise: http://www.medicalbioinformatics.de/teaching

Kommentar

In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt. Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt. Schließen

Literaturhinweise

Generelle Bücher: Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8 R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7 Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4 Mehr im Wiki (siehe "Teaching" auf der der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik). Schließen

16 Termine

Zusätzliche Termine

Do, 25.02.2016 14:00 - 16:00
Klausur

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