23301b
Praktikum
SoSe 16: P Angewandte Molekulare Phylogenetik
Thomas Borsch
Hinweise für Studierende
zusätzliche Modulinfos: http://www.bcp.fu-berlin.de/studium-lehre/studiengaenge/biologie/master_biodiv/zerstueckelte-Ordnung/Angewandte-Molekulare-Phylogenetik.pdf
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Verbindliche Vorbesprechung: 20.04.2016, 10:00 Uhr im BGBM im kleinen Hörsaal
Kommentar
Behandelt werden Fragen der Homologie in der Molekularbiologie, wobei das Thema
Alignment von Sequenzen mit mikrostrukturellen Mutationen intensiv theoretisch und
praktisch (Einführung in Computerprogramme) bearbeitet wird. Die Studierenden arbeiten
dazu mit unterschiedlichen Methoden und Programmen an Beispieldatensätzen. Der
Funktionsweise von Algorithmen der Parsimonie-Rekonstruktion sowie der Einarbeitung in
entsprechende Software wird vertieft behandelt, ebenso die Evaluierung von
Stammbaumhypothesen (Resampling-Techniken). Thematisiert werden Partitionierung und
Kombination von Matrices, wobei anhand unterschiedlicher Beispieldatensätze das
phylogenetische Signal unterschiedlicher Genomabschnitte und Kompartimente (Pflanzen)
untersucht wird. Parsimonie-Hypothesen werden dann Modellbasierten
Stammbaumhypothesen gegenübergestellt. Ein weiterer Abschnitt widmet sich der
grafischen Darstellung von Stammbäumen. Dazu kommt die Diskussion klassischer und
aktueller Arbeiten aus wissenschaftlichen Zeitschriften, um den Studierenden die aktuelle
Entwicklungen in der molekularen Phylogenetik zu vermitteln.
Der Kurs zielt vornehmlich auf ein Kennenlernen von Methoden und aktuellen
Computerprogrammen für die Stammbaumrekonstruktion, -evaluierung und präsentation.
Es ist zu empfehlen das Modul Einführung in die molekulare Phylogenetik (No. 13) als
Vorbereitung zu besuchen. Schließen
Zusätzliche Termine
Mi, 20.04.2016 10:00 - 12:00Vorbesprechung