Die Verteilung der Plätze erfolgt jedes Jahr im Februar.

Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auch auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

Plattform für Ligand-Basierte Toxizitätsvorhersagen

Die Computergestützte Vorhersage des Risikopotentials von neuen Molekülen ist eine wichtige Aufgabe, u.a. im Zusammenhang mit der Reduzierung von Tierversuchen (http://www.bb3r.de/). Im Vorjahr haben wir mit einer Gruppe bereits Python Skripte erstellt, die Toxizitätsvorhersagen mit Hilfe von Machine Learning und Ähnlichkeitssuche erlauben und einen Prototyp eines Webservers erstellt.

Im diesjährigen Projekt wollen wir die Skripte erweitern und neue maschinelle Lernverfahren, mehr molekulare Deskriptoren, sowie weitere Datensätze einbinden. Neben der Auswertung der neuen Methoden, soll besonders auch die Funktionalität des Webservers erweitert werden, sowie die Usability.

Ziel ist es diesen Webserver online zur Verfügung zu stellen, um damit anderen Wissenschaftlern zu erlauben, die Toxizität ihrer Moleküle abzuschätzen. Eine anschließende Veröffentlichung der Methoden ist wünschenswert.

Verwendete Programmiersprache(n): Python (scikit-learn, RDKit), Webserver (django, json, jquery, …)

Mehr Informationen zur wissenschaftlichen Ausrichtung der Gruppe finden Sie unter https://physiologie-ccm.charite.de/forschung_am_institut/ag_volkamer/