Integrative Analyse von Next Generation Sequencing (NGS) Daten
Eine der Forschungsfragen in der Bioinformatik und der regulatorischen Genomik ist es, die Prinzipien der transkriptionellen Regulation zu verstehen. Transkriptionsfaktoren sind die Hauptakteure der Genregulation. Ein weiterer Aspekt ist das offene Chromatin, das die Bindung der Transkriptionsfaktoren und der RNA-Polymerase II ermöglicht. Es gibt verschiedene experimentelle Techniken, die die Wechselwirkung zwischen den regulatorischen Proteinen und der DNA bestimmen können, wie z.B. ChIP-seq. Die kombinatorische Analyse mehrerer Experimente hilft uns, das Zusammenspiel all dieser Faktoren auf regulatorische Elemente im Genom zu verstehen. Wir werden ChIP-seq- und RNA-seq-Daten in verschiedenen Zelllinien analysieren, um die TF-Bindung und Histonmodifikationen im gesamten Genom in Bezug auf die Genexpression der benachbarten Gene zu modellieren. Anschließend entwickeln wir eine statistische Methode, um diese Daten in geeigneter Weise zu kombinieren. Wir verwenden sowohl implementierte Tools als auch eigene Skripte, um geeignete Ergebnisse zu erzielen. Die Studierenden arbeiten in 3er Gruppen und präsentieren ihre Arbeiten am Ende des Seminars.

Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.