23410c
Internship
SoSe 20: P Mechanismen der mikrobiellen Stressanpassung S20
Haike Antelmann, Eberhard Klauck, Vu Van Loi
Information for students
Zusätzlich 2 Plätze für Studierende der Biochemie.
Zusätzliche Modulinfos: Modulbeschreibung der Modulvariante Mechanismen der mikrobiellen Stressanpassung (SoSe20) close
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Vorlesung:
1) Das BacterioMatch Two Hybrid System, RpoS und RssB Interaktion in E. coli, Biofilme und Regulation durch RpoS in E. coli, Hitzeschockantwort in E. coli, Methoden des Nachweises der Interaktion von Proteinen, Proteinüberexpression, Anti-Adaptorproteine,
2) Proteinexportmechanismen bei Bakterien, Mechanismen mikrobieller Pathogenität, Viren und Bakteriophagen, Mikrobielle Kommunikation durch Quorum-sensing, Regulatorische RNAs und CRISPR-Cas Immunität in Bakterien
Einführung und Auswertung von Praktikums-Experimenten:
1) Theoretische Einführung von Experimenten zur Interaktion des RpoS und RssB Proteins aus E. coli in vivo und in vitro: Transformation von Überexpressionsvektoren, Induktion von Genen, native Reinigung von 6His-RssB und 6His-RpoS, Proteinkonzentrationsbestimmungsmethoden, Interaktion von Proteinen in vitro: Coelution mit Hilfe von S-Protein Agarose: Interpretation der Ergebnisse. Schwierigkeiten, Grenzen der Methode. Besprechung eines In vivo-Interaktionssystems, des BacterioMatch Two Hybrid Systems: Prinzip, Durchführung, Grenzen, falsch-positive Kolonien. Übung: Wie können verschiedene E. coli-Mutanten in Komponenten des RpoS-Proteolyse-Systems identifziert werden? Wie kann der Abbau von RpoS in vivo gemessen werden? Welche Erkenntnisse kann man aus der Messung verschiedener rpoS::lacZ Fusionen in verschiedenen Mutanten gewinnen?
2) Theoretische Einführung zu Praktikumsversuchen zur Herstellung von Mutanten in Stress-induzierten Genen und Charakterisierung dieser mit mikrobiologischen, molekularbiologischen und biochemischen Methoden. Dabei kommen zum Einsatz Präsentationen und online Demonstrationen (Youtube und JoVe Videos) zu verschiedenen Methoden, wie z.B. Northern Blots zur Untersuchung der Genexpression, Redox-Biosensor-Messungen zur Bestimmung des zellulären Redoxstatus, Wachstumsversuche und Überlebensversuche unter Stress zur Phänotypanalyse, Analyse von Redox-modifikationen von Proteinen, DNA-Bindestudien von Regulatoren u.a. Methoden. close
1) Das BacterioMatch Two Hybrid System, RpoS und RssB Interaktion in E. coli, Biofilme und Regulation durch RpoS in E. coli, Hitzeschockantwort in E. coli, Methoden des Nachweises der Interaktion von Proteinen, Proteinüberexpression, Anti-Adaptorproteine,
2) Proteinexportmechanismen bei Bakterien, Mechanismen mikrobieller Pathogenität, Viren und Bakteriophagen, Mikrobielle Kommunikation durch Quorum-sensing, Regulatorische RNAs und CRISPR-Cas Immunität in Bakterien
Einführung und Auswertung von Praktikums-Experimenten:
1) Theoretische Einführung von Experimenten zur Interaktion des RpoS und RssB Proteins aus E. coli in vivo und in vitro: Transformation von Überexpressionsvektoren, Induktion von Genen, native Reinigung von 6His-RssB und 6His-RpoS, Proteinkonzentrationsbestimmungsmethoden, Interaktion von Proteinen in vitro: Coelution mit Hilfe von S-Protein Agarose: Interpretation der Ergebnisse. Schwierigkeiten, Grenzen der Methode. Besprechung eines In vivo-Interaktionssystems, des BacterioMatch Two Hybrid Systems: Prinzip, Durchführung, Grenzen, falsch-positive Kolonien. Übung: Wie können verschiedene E. coli-Mutanten in Komponenten des RpoS-Proteolyse-Systems identifziert werden? Wie kann der Abbau von RpoS in vivo gemessen werden? Welche Erkenntnisse kann man aus der Messung verschiedener rpoS::lacZ Fusionen in verschiedenen Mutanten gewinnen?
2) Theoretische Einführung zu Praktikumsversuchen zur Herstellung von Mutanten in Stress-induzierten Genen und Charakterisierung dieser mit mikrobiologischen, molekularbiologischen und biochemischen Methoden. Dabei kommen zum Einsatz Präsentationen und online Demonstrationen (Youtube und JoVe Videos) zu verschiedenen Methoden, wie z.B. Northern Blots zur Untersuchung der Genexpression, Redox-Biosensor-Messungen zur Bestimmung des zellulären Redoxstatus, Wachstumsversuche und Überlebensversuche unter Stress zur Phänotypanalyse, Analyse von Redox-modifikationen von Proteinen, DNA-Bindestudien von Regulatoren u.a. Methoden. close
Suggested reading
1. FUCHS, G. (Hrsg.) Allgemeine Mikrobiologie, begründet von Hans G. SCHLEGEL, 9., vollständig überarbeitete und erweiterte Auflage 2014, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, New York.
2. MUNK, K. (Hrsg.) Taschenlehrbuch Biologie: Mikrobiologie. 1. Auflage, Georg Thieme Verlag, 2008, Stuttgart.
3. MADIGAN, M. T., J. M. MARTINKO, D. A. STAHL and D. P. CLARK. Brock Biology of Microorganisms, 13th edition, Pearson Education, Inc., 2012, San Francisco.
4. MADIGAN, M. T., J. M. MARTINKO, D. A. STAHL und D. P. CLARK. Brock Mikrobiologie, 13., aktualisierte Auflage, Pearson Higher Education, 2013, München.
5. Lottspeich, F. und J.W.Engel (Hrsg) Bioanalytik. 2.Auflage, Spektrum, Akademischer Verlag, Elsevier GmbH, München, 2006
6. Ausgewählte spezielle Literatur zur Thematik (aktuelle Reviews) werden zur Verfügung gestellt
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