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SoSe 21: S Bioinformatic tools in Plant Molecular Biology

Anne Cortleven

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Verbindliche Vorbesprechnung: 12.04.2021 um 16:00

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Das Seminar und die Übungen behandeln die Nutzung und Anwendung von häufig genutzten bioinformatischen Tools und Datenbasen der Pflanzenmolekularbiologie. Im Seminar werden unterschiedliche Tools und Datenbasen vorgestellt und danach in Übungen erprobt. Es handelt sich u.a. um die Selektion von Mutanten anhand von Datenbasen wie NASC, TAIR, T-DNA Express; um Design von Primern zur Genotypisierung von Pflanzen oder für die Anwendung bei Transkriptanalysen; um Analyse von Sequenzierungen (z.B. von EMS Mutanten) usw. Ein besonderer Fokus liegt auf der Bearbeitung von RNAseq-Daten mit Hilfe von R (Deseq2) inklusive GO-Termanalyse, Analyse der Daten an Hand von Heatmaps (MEV) und Clustering. close