19400001 Lecture

WiSe 14/15: Algorithmen und Datenstrukturen

Knut Reinert

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Weitere Hinweise: http://www.mi.fu-berlin.de/en/inf/groups/abi/teaching/

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ACHTUNG: Die Kommunikation für die Vorlesung wird in einem WiKi-Bereich stattfinden (siehe "Teaching" auf der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik):
http://www.mi.fu-berlin.de/en/inf/groups/abi/teaching/

In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt. Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt. close

Suggested reading

Generelle Bücher: Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8 R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7 Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4 Mehr im Wiki (siehe "Teaching" auf der der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik). close

16 Class schedule

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