19400001
Vorlesung
WiSe 15/16: Algorithmen und Datenstrukturen
Tim Conrad
Hinweise für Studierende
Weitere Hinweise: http://www.medicalbioinformatics.de/teaching
Kommentar
In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.
In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt. Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt. Schließen
Literaturhinweise
Generelle Bücher:
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Mehr im Wiki (siehe "Teaching" auf der der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik). Schließen
16 Termine
Zusätzliche Termine
Do, 25.02.2016 14:00 - 16:00Klausur
Regelmäßige Termine der Lehrveranstaltung
Do, 15.10.2015 14:00 - 16:00
Do, 22.10.2015 14:00 - 16:00
Do, 29.10.2015 14:00 - 16:00
Do, 05.11.2015 14:00 - 16:00
Do, 12.11.2015 14:00 - 16:00
Do, 19.11.2015 14:00 - 16:00
Do, 26.11.2015 14:00 - 16:00
Do, 03.12.2015 14:00 - 16:00
Do, 10.12.2015 14:00 - 16:00
Do, 17.12.2015 14:00 - 16:00
Do, 07.01.2016 14:00 - 16:00
Do, 14.01.2016 14:00 - 16:00
Do, 21.01.2016 14:00 - 16:00
Do, 28.01.2016 14:00 - 16:00
Do, 04.02.2016 14:00 - 16:00
Do, 11.02.2016 14:00 - 16:00