216201c
Laboratory Course
SoSe 20: Biomolecular X-Ray Crystallography
Oliver Daumke, Christian Feiler, Bernhard Loll, Markus Wahl, Manfred Weiss
Information for students
Das gesamte Methodenmodul wird sobald wie möglich ein zusätzliches Mal angeboten.
Additional information / Pre-requisites
Additional informations:
Part 1: Wahl, Loll
Schedule:.04.05. - 15.05.20.
Location: Takustr. 6, 3. OG, Wahl group
Part 2: Feiler, Weiss Important note: Pregnant and breastfeeding women are prohibited from working on the storage ring (Part 2) due to radiation protection regulations.
Schedule: 25.05. - 29.05.20, Meeting point at 10:00 am at the gatekeeper
Location: c/o Soft Matter and Functional Materials, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
Part 3: Daumke
Schedule: 08.06. - 11.06.20
Location: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC.C (Haus 83). Dendrit 2; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Heinemann) (s.Vorlesungsverzeichnis)
Final seminar for 216201 a-c Schedule: 12.06.20, 9:00 bis 12:00 h Location: Takustr. 6, SR 323, Wahl group
Tombola: Di., 14.04.20, 9:00 h, Biochemie, Thielallee 63, Hs close
Part 1: Wahl, Loll
Schedule:.04.05. - 15.05.20.
Location: Takustr. 6, 3. OG, Wahl group
Part 2: Feiler, Weiss Important note: Pregnant and breastfeeding women are prohibited from working on the storage ring (Part 2) due to radiation protection regulations.
Schedule: 25.05. - 29.05.20, Meeting point at 10:00 am at the gatekeeper
Location: c/o Soft Matter and Functional Materials, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
Part 3: Daumke
Schedule: 08.06. - 11.06.20
Location: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC.C (Haus 83). Dendrit 2; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Heinemann) (s.Vorlesungsverzeichnis)
Final seminar for 216201 a-c Schedule: 12.06.20, 9:00 bis 12:00 h Location: Takustr. 6, SR 323, Wahl group
Tombola: Di., 14.04.20, 9:00 h, Biochemie, Thielallee 63, Hs close
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Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalte des Praktikums:
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
Dr. C. Feiler: christian.feiler@helmholtz-berlin.de
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de close
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalte des Praktikums:
- In silico characterization of a target protein
- Recombinant protein production and purification
- Limited proteolysis
- Biochemical and biophysical characterization of target protein (ITC, Thermofluor, CD spectroscopy)
- Crystallization, crystal harvesting and cryo-protection
- Derivatization of protein crystals
- X-ray diffraction data collection at a synchrotron source
- Data reduction
- Structure determination (MAD, SIRAS and molecular replacement)
- Interpretation of electron density maps and model building
- Refinement and validation
- Structure analysis and preparation of structure figures
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
Dr. C. Feiler: christian.feiler@helmholtz-berlin.de
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de close