Dieses Seminar behandelt zentrale Aspekte der modernen Bottom-up-Proteomanalyse mittels Massenspektrometrie mit Schwerpunkt auf bioinformatischen Algorithmen und Datenanalyse.

Nach einer kurzen Einführung in die Massenspektrometrie-basierte Proteomik (Gerätetypen, Dateneigenschaften, Überblick über bioinformatische Herausforderungen) werden wir die großen Eckpfeiler untersuchen, darunter Isotopenmodelle und Averagines, Scoring-Algorithmen zur Identifizierung von Massenspektren, False-Discovery-rate-Schätzung mittels Köderpeptiden, absolute und relative Quantifizierung von Proteinen und Korrelation zwischen mRNA und Proteinexpression.