19700
Lecture
WiSe 13/14: Algorithmen und Datenstrukturen
Knut Reinert
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ACHTUNG: Die Kommunikation für die Vorlesung wird in einem WiKi-Bereich stattfinden (siehe "Teaching" auf der der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik).
In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, Endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, Multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.
In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt. Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Pro-grammiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt. close
Suggested reading
Generelle Bücher:
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Mehr im Wiki (siehe "Teaching" auf der der Webseite der AG Algorithmische Bioinformatik). close
16 Class schedule
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Wed, 2014-04-02 14:00 - 16:00
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Algorithmen und Datenstrukturen
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Algorithmen und Datenstrukturen
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Algorithmen und Datenstrukturen
Thu, 2013-11-07 14:00 - 16:00
Algorithmen und Datenstrukturen
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Algorithmen und Datenstrukturen
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